小南门

位于清华附中南侧，与东门一样，直通清华大学校内。是目前唯二普通学生可以正常出入的校门（另一个为西门）。

自由出入

2020 年以前小南门在午休时可随意出入，学生可进入大学食堂就餐（价格实惠，前提是有大学的卡）。该功能于 2020 年受疫情影响而消失。

2023 年末，笔者获悉该功能已恢复，并进行了尝试，果真可以，是一种去校外呼吸新鲜空气放松身心的好方法（同时相较其他方法风险极小）。

开放时间

小南门作为副校门一样的存在，在一些节假日、补课或特殊日期可能不会开放。习惯走此门的同学在特殊日期应当提前询问班主任有关事宜。

影壁

80年代初的清华附中校门

南门门口有一影壁，上面有印刷体楷体字“身体好 学习好 工作好”和“为祖国健康工作五十年”。前者为毛主席的著名语句，在很多学校都能见到，但这里的字体为何没有采用“毛体”尚未知。

该影壁为 80 年代初的清华附中校门的复刻，但实际建造时间在 2020 年左右。

由于字体和设计原因，该影壁与清华附中其他建筑相比显得十分难看，整体风格类似S座的速成风格。

由于建筑材料太差，该影壁在建成后的一两年内表面便出现了一定程度的剥落和侵蚀，这给其带来了一定的年代感和沧桑感，但实际上其建成至今并未超过 5 年。

南墙

从南门自行车棚处可以翻墙出校，难度一般，但校外落点处有带棘刺的植物。曾有同学因在此翻墙收到诫勉通知书。