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清华附中整活基地，下分为以下几个实验室：
计算机高研实验室
地理高研实验室
能源系统实验室
分析化学实验室
生命科学实验室
机器人与自动化实验室
为了能为一部分学有余力、有志于科学研究和探索的孩子创设更好的科技平台，清华附中与美国最好的科技高中托马斯杰弗逊科技高中联合，引入他们高精尖实验室。并于2015年7月完成了机器人与自动化、能源实验室、地理信息系统、计算机科学四个高等研究实验室实验室的建设。2016-2017年，又相继建成了化学分析实验室、生命科学实验室。
G20 某一项目组为计算机高研实验室创建了一个 Wiki，虽然很久没有更新了，但值得参考。