创新书院是清华附中的一种特殊班型，它不同于初一、初二阶段的创新班，而是通常在初三第一学期前后产生，于相应年级就读的学生经过学校2~2.5年的综合能力考察，均有机会进入创新书院；由外校经过清华附属实验学校的“1+3”项目考核通过的学生亦有机会进入创新书院就读。在该年级创新书院诞生后，之前的创新班随即消失。
第一届创新书院为C22级创新书院，产生于初三第一学期结束后。包括创新书院C2205班、创新书院C2208班、创新书院C2211班以及创新书院C2214班。
第二届创新书院分别为在2025年暑假后产生的五个班级，分别是创新书院C2314、创新书院C2315、创新书院C2316、创新书院C2317，以及由清华附属实验学校“1+3”项目产生的创新书院C2318。